Desa Lalowosula mulai terbentuk pada tahun 2001, hasil pemekaran dari Desa Putemata yang pada saat itu dipimpin Bapak Ketut Rawan dan sekretaris desa Ibu Nursanti, S.Sos. Desa Putemata dimekarkan atas usulan para tokoh masyarakat yang disetujui oleh pemerintah setempat karena pada saat itu luas wilayah Desa Putemata cukup luas dengan jumlah penduduk sangat besar. Sebagian besar jumlah penduduk tersebut memiliki potensi yang cukup dalam proses pembangunan di desa. Maka, untuk mengoptimalkan jalannya pemerintahan, dianggap perlu diadakan pemekaran.
Sebelum menjadi desa, wilayah ini masih berupa dataran dan hutan belantara. Desa Lalowosula memiliki sejarah unik yang dimulai sebagai kawasan transmigrasi UDT Ladongi 2. Nama Lalowosula sendiri berasal dari sebuah sungai yang menjadi batas desa dengan Kelurahan Ladongi Jaya, yang dalam bahasa setempat berarti "Anoa yang berjalan melalui alur sungai".